1999年，中央工藝美術(shù)學(xué)院并入清華大學(xué)，成為清華大學(xué)美術(shù)學(xué)院。

　　2003年，401醫(yī)院和402醫(yī)院并入清華大學(xué)成為附屬醫(yī)院(華信醫(yī)院和玉泉醫(yī)院)。

　　北京大學(xué)

　　2000年，北京大學(xué)與原北京醫(yī)科大學(xué)合并，組建了新的北京大學(xué)。

　　對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易大學(xué)

　　1983年，國(guó)際經(jīng)濟(jì)管理學(xué)院與北京對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易學(xué)院(現(xiàn)名“對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易大學(xué)”)合并。2000年，原中國(guó)金融學(xué)院與原對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易大學(xué)合并成立新的對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易大學(xué)。

　　中央財(cái)經(jīng)大學(xué)

　　1998年，中央財(cái)政管理干部學(xué)院重新并入中央財(cái)經(jīng)大學(xué)。

　　北京交通大學(xué)

　　2000年，北京電力高等專(zhuān)科學(xué)校被并入北方交通大學(xué)。

　　2003年，北方交通大學(xué)更名為北京交通大學(xué)。

　　南開(kāi)大學(xué)

　　1994年，天津?qū)ν赓Q(mào)易學(xué)院并入南開(kāi)大學(xué)。

　　2010年，中國(guó)旅游管理干部學(xué)院整建制劃轉(zhuǎn)南開(kāi)大學(xué)，南開(kāi)大學(xué)旅游與服務(wù)學(xué)院成立。

　　東北大學(xué)

　　1995年，沈陽(yáng)黃金學(xué)院并入東北大學(xué)。

　　吉林大學(xué)

　　2000年，原吉林大學(xué)、吉林工業(yè)大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)、長(zhǎng)春科技大學(xué)、長(zhǎng)春郵電學(xué)院合并組建了新的吉林大學(xué)。

　　2004年，原中國(guó)人民解放軍軍需大學(xué)并入吉林大學(xué)。

　　復(fù)旦大學(xué)

　　2000年，上海醫(yī)科大學(xué)與復(fù)旦大學(xué)合并，成立新的復(fù)旦大學(xué)。

　　同濟(jì)大學(xué)

　　1996年，原上海建材工業(yè)學(xué)院和上海城建學(xué)院并入同濟(jì)大學(xué)。

　　2000年，原上海鐵道大學(xué)與同濟(jì)大學(xué)合并組建新的同濟(jì)大學(xué)。

　　上海交通大學(xué)

　　1999年，上海農(nóng)學(xué)院并入上海交通大學(xué)。

　　2005年，上海第二醫(yī)科大學(xué)并入上海交通大學(xué)。

　　江南大學(xué)

　　2001年，無(wú)錫輕工大學(xué)、江南學(xué)院、無(wú)錫教育學(xué)院合并組建成江南大學(xué)。

　　2003年，原東華大學(xué)無(wú)錫校區(qū)整體并入江南大學(xué)。

　　浙江大學(xué)

　　1998年，原浙江大學(xué)、杭州大學(xué)、浙江農(nóng)業(yè)大學(xué)和浙江醫(yī)科大學(xué)四校實(shí)現(xiàn)合并，組建了新浙江大學(xué)。

　　山東大學(xué)

　　2000年，原山東大學(xué)、原山東醫(yī)科大學(xué)、原山東工業(yè)大學(xué)合并組建成新的山東大學(xué)。

　　武漢大學(xué)

　　2000年，武漢大學(xué)、武漢水利電力大學(xué)、武漢測(cè)繪科技大學(xué)、湖北醫(yī)科大學(xué)合并成組建成新的武漢大學(xué)。

　　華中科技大學(xué)

　　2000年，原同濟(jì)醫(yī)科大學(xué)、武漢城市建設(shè)學(xué)院與華中理工大學(xué)合并，組建成華中科技大學(xué)。

　　武漢理工大學(xué)

　　2000年，武漢工業(yè)大學(xué)、武漢交通科技大學(xué)、武漢汽車(chē)工業(yè)大學(xué)三校合并組建成武漢理工大學(xué)。

　　湖南大學(xué)

　　2000年，湖南財(cái)經(jīng)學(xué)院并入湖南大學(xué)。

　　2002年，湖南計(jì)算機(jī)高等專(zhuān)科學(xué)校并入湖南大學(xué)。

　　中南大學(xué)

　　2000年，中南工業(yè)大學(xué)、湖南醫(yī)科大學(xué)和長(zhǎng)沙鐵道學(xué)院合并組建成中南大學(xué)。

　　中山大學(xué)

　　2001年，原中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)合并組建新的中山大學(xué)。

　　華南理工大學(xué)

　　1978年，華南工學(xué)院和廣東化工學(xué)院合并成立華南工學(xué)院。

　　1988年，華南工學(xué)院更名為華南理工大學(xué)。

　　重慶大學(xué)

　　2000年，重慶大學(xué)、重慶建筑大學(xué)、重慶建筑高等專(zhuān)科學(xué)校合并組建成新的重慶大學(xué)。

　　四川大學(xué)

　　1994年，原四川大學(xué)和成都科技大學(xué)合并，成立四川聯(lián)合大學(xué)。 1998年，四川聯(lián)合大學(xué)再度更名為四川大學(xué)。

　　2000年，華西醫(yī)科大學(xué)并入四川大學(xué)。

　　西安交通大學(xué)

　　2000年，西安醫(yī)科大學(xué)、陜西財(cái)經(jīng)學(xué)院并入西安交通大學(xué)。

　　長(zhǎng)安大學(xué)

　　2000年，西安公路交通大學(xué)、西安工程學(xué)院和西北建筑工程學(xué)院三校合并組建成長(zhǎng)安大學(xué)。

　　蘭州大學(xué)

　　2002年，甘肅省草原生態(tài)研究所并入蘭州大學(xué)。

　　2004年，蘭州醫(yī)學(xué)院重新并入蘭州大學(xué)。