雖然職能式結(jié)構(gòu)具有一些優(yōu)點(diǎn)，但是其缺點(diǎn)也是很明顯的： 
　　(1)項(xiàng)目管理沒(méi)有正式的權(quán)威性。由于項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)成員分散于各職能部門(mén)，團(tuán)隊(duì)成員受其所在職能部門(mén)與項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)的雙重領(lǐng)導(dǎo)，而相對(duì)于職能部門(mén)來(lái)說(shuō)，項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)的約束顯得更為無(wú)力。
　　(2)項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)中的成員不易產(chǎn)生事業(yè)感與成就感。團(tuán)隊(duì)中的成員普遍會(huì)將項(xiàng)目的工作視為額外工作，對(duì)項(xiàng)目的工作不容易激發(fā)更多的熱情。這對(duì)項(xiàng)目的質(zhì)量與進(jìn)度都會(huì)產(chǎn)生較大的影響。    
　　(3)對(duì)于參與多個(gè)項(xiàng)目的職能部門(mén)，特別是具體到個(gè)人來(lái)說(shuō)，不容易安排好在各項(xiàng)目之間投入力量的比例。
　　(4)不利于不同職能部門(mén)的團(tuán)隊(duì)成員之間交流。
　　(5)項(xiàng)目的發(fā)展空間容易受到限制。