正是基于上述認識，在建立土地登記制度的國家或地區(qū)的法律中，一般均認為土地登記本身具有強烈的司法意義，而不是只具有行政管理意義。因此，德國、瑞士等國家直接建立了以司法機關(guān)為土地登記機關(guān)的登記制度，日本等國建立了以司法行政部門為登記部門的登記制度。我國30年代建立登記制度時，本來也是以法院為登記機關(guān)。但是當時軍閥割據(jù)，法律難以貫徹，故當時的國家建立了以國家地政部門為土地登記機關(guān)的體制，這種體制在臺灣沿用至今。（注：李鴻毅著《土地法論》，1991年版，第260頁。）但是在司法實踐中， 臺灣以地政部門作為土地登記機關(guān)的做法，其依據(jù)并不是以行政管理作為法理，而仍然是以不動產(chǎn)物權(quán)的公示原則作為其法理的。
　　1.2．土地權(quán)利登記是具有國家公信力的法律基礎(chǔ)
　　在建立土地登記的市場經(jīng)濟國家，土地登記的機關(guān)有的是法院，有的是司法部門。這種做法，是以土地登記直接或者間接地決定權(quán)利人的實體權(quán)利，故登記應(yīng)與司法系統(tǒng)建立直接的關(guān)系。如在德國，不動產(chǎn)物權(quán)登記的爭議直接進入訴訟程序，當事人在此程序中已經(jīng)不必起訴，而是向上級法院直接上訴。但不管是在那一種機關(guān)，這些機關(guān)都是國家機關(guān)。這是因為，土地權(quán)利是涉及國計民生的重要權(quán)利，故法律無不要求國家出面承擔登記的責任，以國家的信譽和國家行為的嚴肅性作為保障，使得土地登記具有取得社會一體信服的法律效力。這種法律效力，就是土地登記的國家公信力。這種公信力，是任何民間的證明都不可比擬的。土地登記具有國家公信力，這是土地登記制度的本質(zhì)特征之一。
　　土地登記具有國家公信力的法律結(jié)果是：不論當事人實在的土地權(quán)利如何，只能以國家建立的土地登記簿上記載的權(quán)利為正確的權(quán)利，并依此建立土地權(quán)利的交易秩序；同時，如果第三人依據(jù)土地登記簿取得登記的權(quán)利，他取得的權(quán)利當然應(yīng)該得到保護。這一保護的意思是：即使登記的權(quán)利與原權(quán)利可能不一致，或者權(quán)利的出讓不符合原權(quán)利人的本意，但是在權(quán)利的受讓人根據(jù)登記簿取得該權(quán)利時，受讓人的權(quán)利因為是相信國家登記而取得的，所以受讓人的權(quán)利不應(yīng)當被追奪。所以，這種以登記為正確權(quán)利的效力，是從土地登記的公信力中推定出來的。這種推定，對保護善意取得人即根據(jù)土地登記簿取得土地權(quán)利人的利益（而該權(quán)利人的利益其實是土地權(quán)利的法律秩序的化身）是非常必要的。
　　1.3．土地登記是國家建立的關(guān)于土地權(quán)利的統(tǒng)一的法律基礎(chǔ)
　　土地登記為土地權(quán)利交易提供的法律基礎(chǔ)，在國家法律整個管轄范圍內(nèi)都能發(fā)揮作用，而且它對于國家的任何一個地域均發(fā)揮同等的作用。這就是說，通過土地登記，國家為土地權(quán)利提供了在整個法律實施范圍內(nèi)有效的法律基礎(chǔ)。從市場經(jīng)濟的發(fā)展和人民群眾的生活需要來看，國家為土地權(quán)利所提供的統(tǒng)一效力意義重大。有了這個統(tǒng)一的基礎(chǔ)，整個法律實施范圍內(nèi)發(fā)生的一切土地權(quán)利交易（實際上是整個不動產(chǎn)市場）才有了統(tǒng)一的法律基礎(chǔ)和規(guī)則。如果沒有這個統(tǒng)一基礎(chǔ)，建立公正的、有序的土地權(quán)利流轉(zhuǎn)制度就是一句空話。
　　2．土地登記機關(guān)的統(tǒng)一是登記的法理要求
　　1997年9月在臺灣召開的“海峽兩岸土地法制研討會”上， 臺灣的學者對大陸目前采取的土地登記（不動產(chǎn)登記）機關(guān)分散在多個部門的做法，尤其是法律把土地權(quán)利登記和房產(chǎn)權(quán)利登記、林地權(quán)登記以及其他不動產(chǎn)登記的“分別登記”，規(guī)定為原則的做法很不理解。因為，在當今世界，凡建立不動產(chǎn)登記制度的國家和地區(qū)，不論這種登記被稱為土地登記還是被稱為不動產(chǎn)登記，總是在一個機構(gòu)進行的。而現(xiàn)在我國大陸建立的將不動產(chǎn)登記分散在多個部門的做法，與世界其他國家或地區(qū)的做法均不符合。因此，這些學者對這種妨害交易秩序的分散登記的做法有很多疑問。
　　應(yīng)當說，臺灣學者對我國大陸在登記機關(guān)問題上的擔心是有道理的，依據(jù)我國大陸目前建立的登記體制，有6 個以上的部門正在進行著不動產(chǎn)登記，另外還有一些部門正在主張自己進行不動產(chǎn)登記的權(quán)利。但是，從羅馬法以來，確實沒有將不動產(chǎn)登記分散在多個部門的其他例子。市場經(jīng)濟發(fā)達國家和地區(qū)都采納的是不動產(chǎn)統(tǒng)一登記的法律制度。我國大陸的這種做法，原因是從1956年起土地權(quán)利退出了財產(chǎn)法的范疇，只是在1988年之后才又重新進入財產(chǎn)法范疇。而此時房產(chǎn)權(quán)、林地權(quán)等已經(jīng)進入了財產(chǎn)法范疇，而且先于土地登記建立了自己的登記制度。這些登記在歷史上也曾發(fā)揮了一定的積極作用，因此得到許多人的支持。我國現(xiàn)行立法為照顧這一現(xiàn)實，故采取了不動產(chǎn)登記分散在多個部門的做法。但是，這些在計劃經(jīng)濟體制下或者經(jīng)濟體制轉(zhuǎn)型時期曾經(jīng)發(fā)揮過積極作用的登記類型，在市場經(jīng)濟體制下是否能夠繼續(xù)發(fā)揮積極作用，這是一個必須認真思考的問題。在認真地對權(quán)利登記的法理進行思考之后，我們可以清楚地看出，我國大陸目前建立的不動產(chǎn)分別登記的做法，確實與市場經(jīng)濟發(fā)達國家的普遍做法是相違背的，更不符合市場經(jīng)濟體制下的登記法理。因此，根據(jù)土地財產(chǎn)法即民法物權(quán)法的法理，我國大陸應(yīng)當早日建立不動產(chǎn)統(tǒng)一登記的法律制度。