2.1．分別登記的理論基礎是土地、房屋、 森林等不動產的行政管理理論，而不是市場經濟需要的民法物權法原理
　　目前我國大陸建立的各種不動產分別登記，就是將各種不動產登記分散在各個不同的管理部門。如土地登記在土地管理部門，房產權登記在建設行政管理部門，林地權登記在森林管理部門等。從行政管理的角度看，這種登記制度似乎并無錯誤，因為把登記作為管理的手段之一似乎也是可以的。但是，從財產法即從民法物權法的角度看，這種做法是非常錯誤的。因為，不動產登記的根本目的并不是行政管理，而是為了完成物權變動，進行物權公示，并提供統(tǒng)一的不動產物權的法律基礎。
　　2.2．分別登記造成不動產物權法律基礎的不統(tǒng)一，其結果是妨害正常的不動產物權秩序
　　在分別登記的情況下，登記造成的法律基礎不統(tǒng)一，產生法律“相克”，即權利實現(xiàn)的法律不能。例如，按照我國擔保法，在不動產上設定抵押權時，如果土地上無建筑物時，該抵押權的設立在土地部門登記；如果土地上有建筑物時，則抵押權的設立在房產部門登記。同樣按照擔保法，在土地權利上設定抵押權時，地上物同時納入抵押；而在地上物上設定抵押權時，土地物權也同時納入抵押。在實踐中，土地權利人常常為開發(fā)土地而借貸，并為該債權設定一個抵押權，這個抵押權是在土地部門登記設立的；在土地開發(fā)之后即房屋建成后，他為生產經營的需要又要借貸，為該債權他又設定一個抵押權，該抵押權是在房產部門登記的。按照擔保法，這兩個抵押權的支配范圍是重合的，故它們存在著實現(xiàn)的競爭。但是，后來設立的抵押權雖然在時間上居后，但是抵押權人對先前在土地上設定的抵押權并不知情，法律也沒有提供讓其知情的機會，故上述兩個抵押權人當然認為自己是第一順位的抵押權人。由于這兩個抵押權登記在不同的登記簿上，故它們之間在法律上沒有順位的先后，故并不能依法確定那個權利先實現(xiàn)，那個權利后實現(xiàn)。在這種情況下，不論是采取那一種解決方案，都會違背立法的本意，也會對兩個抵押權人不公平。這種情況，在法學上稱為“權利實現(xiàn)的法律不能”，即法律本身妨害著權利正常實現(xiàn)。這是分別登記造成的當然后果。
　　2.3．分別登記增加了公民和法人的不合理負擔，妨害我國不動產市場順利發(fā)?
　　本來，不動產的權利人就一項不動產物權的變動只需要進行一次登記，而現(xiàn)在各涉及部門均要其在自己的部門登記，甚至通過公開的方式不承認別的部門登記的法律效力。（注：參見《人民日報》1997年11月24日第7版， 中華人民共和國建設部發(fā)布的《建設部關于頒發(fā)全國統(tǒng)一房屋權屬證書的公告》第1條。）這樣，公民、 法人就一項不動產物權變動不得不多次登記，這不但加重了他們的負擔，而且也損害了登記的嚴肅性和法律的權威性。
　　2.4．分別登記不可能使各有權登記的部門職責分明，造成各部門不斷扯皮鬧矛盾，這一點已經為我國的實踐所證明。
　　故不論是依據法理，還是依據市場經濟發(fā)達國家和地區(qū)的經驗，不動產登記都必須統(tǒng)一。對此希望立法機關和有關行政部門早日建立清楚的認識。
　　3．登記機關的選擇
　　至于將來我國的登記機關確定在那一個部門，仍然應當根據法理和國際慣例確定。上文指出，世界各國或地區(qū)的登記機關，無非是司法部門和地政部門兩種。司法部門登記的法理已如前述。故如果我國將來通過立法將不動產登記機關統(tǒng)一在我國的司法部門，則當然是一種合乎法理的做法。
　　但是，在地政部門進行登記也同樣是符合法理的。因為，不動產物權，在本質上要么是直接指向土地的物權（如土地所有權、土地使用權、地上權等），要么是建立在土地物權之上的物權（建立在土地所有權、土地使用權或者地上權之上的房屋所有權、林地使用權、草原使用權等）。所以，以土地登記為基礎的登記，當然可以包容其他的不動產物權的登記。
　　我國臺灣就采納了土地登記部門作為不動產統(tǒng)一登記部門的做法。臺灣《土地登記規(guī)則》第3條規(guī)定：“土地登記， 謂土地及建筑改良物之所有權與他項權利之登記”。在土地登記的名義下面，該“規(guī)則”第69條至第101條，專門規(guī)定了“建物所有權的第一次登記”。 德國的《土地登記條例》不但在其內容中還是在其法律解釋上均包括著地上物的登記。這一點不論是在德國的《土地登記條例》中，還是在德國的《地上權條例》中，以及《住宅所有權法》中都有明確的規(guī)定。在德國法學解釋中，登記意義上的“土地”，就是不動產的意思。（注：參見拙著《德國當代物權法》，法律出版社1997年版，第54頁。）因此，在制定“土地登記法”的國家和地區(qū)，其立法均明確規(guī)定土地登記包括地上物物權的登記。因此他們的不動產登記也是統(tǒng)一的，這種名義上的土地登記實際上就是不動產登記，而且這種登記仍然可以為不動產的交易秩序提供由國家公信力支持的、公開的、統(tǒng)一的法律基礎。這種制度給我國立法提供了有意義的借鑒資料。
　　我國的土地權利登記，要么采用司法部門登記，要么采用地政部門登記，因為其他任何一個部門的登記，都不能為不動產交易建立統(tǒng)一的法律基礎，而其他部門的登記都違背不動產登記的法理。在上述兩種可以采納的登記機關中，目前以地政部門的登記為基礎建立我國的不動產登記法制，應當說較為實際和方便操作。